（工具篇）S5E55：肿瘤耐药研究神器之——GDSC
有不少小伙伴是做肿瘤耐药研究的，今天我们就介绍一个数据库GDSC：Genomics of Drug Sensitivity in Cancer，看这个数据库如何帮我们做好我们的研究工作。
数据库网址：http://www.cancerrxgene.org/，打开后主页是：
那么，这个数据库能实现的信息包括：
1、从药物出发，查询肿瘤药物基本信息，如IC50、靶点、信号通路检索，以及耐药、敏感相关基因；
2、从基因出发，查询基因在肿瘤中的突变情况、对药物敏感耐受信息；
3. 从肿瘤细胞株出发，查询基因突变以及药物敏感信息；
因此这是一个整合了药物、基因和肿瘤信息的数据库，可以三者互查。
我们在做肿瘤耐药研究的时候，经常会从一种药出发研究肿瘤耐药的机制，而GDSC就收录了常用的265种肿瘤药物的IC50、靶点、信号通路等信息，我们看一下：
在主页的三个主题Compound、Cancer Feature和Cell line中，我们点击Compound：
结果出来所有药物的列表信息：
比如我们想了解阿霉素Doxorubicin的有关信息，就可以在filter后的框中输入Doxorubicin，结果就出来了：
单击Doxorubicin名字后就出现了有关Doxorubicin的信息了：
我们可以选择关心的肿瘤类型：lung adenocarcinoma（LUAD），查到肺腺癌59株细胞系的IC50值：
这样，我们就查到了阿霉素有关的基本信息了，接下来我们再考虑一个问题：阿霉素Doxorubicin的耐药与哪些基因有关呢？
在刚才的界面中，选择散点图（Scatter Plot）：
在上图中单击五角星旁边的Select Feature：
结果显示：cnaPANCAN411与阿霉素耐药是相关的，那么cnaPANCAN411是个什么东东呢？
我们从开始界面 Cancer Feature查一下：
单击Cancer Feature，
在出现的结果里面有Variant和cna两类，意思是编码基因异构体的Variant，比如由于基因突变造成的不同转录本；cna是copy number alteration，即基因的拷贝数变异。那么我们就知道刚才查到的cnaPANCAN411是一类拷贝数变异组合，那么具体代表什么呢？我们输入检索并打开，显示结果如下：
这里我们看到cnaPANCAN411不仅与阿霉素的耐药休闲馆，还与Vinblastine，Epothilone B，Camptothecin，BEZ235等的耐药有关，我们单击五角星的show gene，就显示了cnaPANCAN411的基因组成了：
同样的方式，我们验证一个靶向药吉非替尼，前面的检索我们省略：
我们看到EGFR突变以及cnaPANCAN124这一组基因的拷贝数变异与吉非替尼敏感相关。
进一步的我们看到在肺腺癌LUAD中，EGFR突变细胞株IC50显著小于野生型细胞株（P=0.011）。
当然，我们也可以从初始界面根据信号通路来找药物，比如细胞周期有关的药物和靶点。
这里我们反过来关心一个问题：BRAF的突变与肿瘤对哪些药物敏感或者耐药相关?
这样我们在Cancer feature界面中输入BRAF后单击打开，
我们看到BRAF突变后对Dabrafenib，PLX4720，Selumetinib等等的敏感性增强，具体的肿瘤是：
这次我们从肿瘤出发，看能获取哪些信息，我们以脑胶质瘤细胞株U251为例检索：
单击打开：
每个点都是一个药，打开后内容如前所述，我们就不展开说明了。
That’s all. Thank you!
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